Der gesamte Abbauperimeter und ein Grossteil der Erschliessung befindet sich im Wald. Das Projekt bedingt daher Rodungen für zwei verschiedenen Zwecke:
Insgesamt werden 15.9 ha gerodet, wobei 0.9 ha auf die Güterstrasse fallen und 15 ha im Perimeter der Kiesgrube liegen. Der Rodungsperimeter der Kiesgrube beinhaltet einen acht Meter breiten Streifen (Sicherheitsabstand) zum Grubenrand.
Um die archäologischen Fundstellen im Abbauperimeter zu sichern, müssen diese vorsichtig ausgegraben werden. Daher wird ungefähr ein Sechstel der Rodungen auf den Zeitbedarf der archäologischen Grabungen, welche vorgängig zum Kiesabbau stattfinden, ausgelegt. Dies führt dazu, dass gewisse Rodungsteiletappen lange offen bleiben. Gemäss den kantonalen Behörden gelten Rodungen, die während mehr als 30 Jahren nicht aufgeforstet werden können, als definitive Rodungen, alle übrigen als temporäre Rodungen. Im Projekt Kiesgrube Challnechwald führt dies dazu, dass insgesamt 5.99 ha definitiv gerodet und damit anderweitiger Ersatz (Realersatz in Form der Aufforstung Aspiwäldli oder zahlreiche Ersatzmassnahmen zu Gunsten Natur und Landschaft) geleistet werden muss.
Von den Rodungen zu unterscheiden sind die sogenannten Holzschläge, welche der Forst Lyss im Auftrag der Burgergemeinde Kallnach zur Pflege und Werterhaltung des Holzbestandes durchführen kann. Ein nächster Holzschlag wird voraussichtlich im Winter 2019 stattfinden. Dies im Bereich zwischen dem Köhlischleguweg und dem Leuiweg (im Bereich der Ziffer 1 auf der Abbildung). Hier geht es darum, das z.T. bereits am Boden liegende Holz vor dem Befall durch Borkenkäfer zu retten.